甘肃省农业科学院小麦研究所成立于2009年，是集小麦种质资源筛选评价及创新、小麦新品种选育、杂交小麦研究、小麦条锈病遗传多样性控制、小麦水分高效利用及相关生产技术研发和科技咨询于一体的专业性科研机构。现设冬小麦研究室、春小麦研究室、分子育种研究室3个研究室，清水和黄羊2个试验站；拥有国家小麦产业技术体系天水综合试验站、国家农作物品种展示评价基地（清水、凉州）、国家引进国外智力成果示范推广基地-小麦条锈病基因控制、甘肃省小麦技术创新中心、国家小麦改良中心甘肃小麦种质创新利用联合实验室、甘肃省小麦种质创新与品种改良工程实验室、甘肃省小麦良种繁育行业技术中心、甘肃省农业科学院清水小麦产业技术研究院9个研发平台。现有职工26人，其中正高7人、副高10人、博士7人、硕士11人，神农青年英才1人，甘肃省科技领军人才3人，陇原青年英才1人。

小麦所成立以来，秉承“服务三农、吃苦耐劳、开放包容、求实创新”的农科精神，扎实推进小麦科研工作，先后选育出冬春小麦新品种68个，其中省内审定61个，宁夏审定3个，青海审定1个；兰天系列冬小麦47个，陇春系列春小麦21个。获国家发明专利2项，实用新型专利4项，植物新品种权7项，颁布地方标准21项，在条锈病持续控制和抗锈育种方面具国内领先水平。获国家及省部级奖励20余项，其中参与的“中国小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系的构建与应用”获2012年度国家科技进步一等奖，参与的“CIMMYT小麦引进、研究与创新利用”获2015年度国家科技进步二等奖；主持完成的“优质节水广适春小麦新品种陇春41号选育与应用”、“多抗高产广适兰天系列冬小麦新品种选育及应用” 和“抗旱丰产广适春小麦新品种陇春27号选育与应用”分别获2023年度、2021年度和2015年度省科技进步一等奖；“陇春系列小麦品种选育与示范推广”获2016-2018年全国农牧渔业丰收一等奖。

小麦研究所重视学术交流，先后与CIMMYT、中国农科院、中国科学院西北高原生物研究所、西北农林科技大学等国内外科研、教学单位建立了长期合作关系。研究所秉承合作研究、开放办所的宗旨，热忱欢迎国内外小麦科研机构、企业与我所开展科研、产业开发、成果转化等方面的合作发展，更好地服务小麦产业发展。